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使用两类发票的纳税人不同。纳税人根据规模可以分为一般纳税人和小规模纳税人，增值税专用发票只能由增值税一般纳税人领购使用，而小规模纳税人若是需要使用增值税专用发票则只能通过税务机关代开使用。
增值税专用发票的作用更大。普通发票可以作为商事发生的凭证，而增值税专用发票还可以用作扣税凭证，能够抵消进项税款。
票面内容增值税专用发票更齐全。增值税专用发票包括供销双方的纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等内容，常见的普通发票则不具备上述内容。
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增值税专用发票联次更多。普通发票一般有存根联，发票联，记账联。而增值税专用发票一般有存根联，发票联，抵扣联，记账联。