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主要区别在于外形不同、栖息环境不同、生活习性不同。
1、外形不同
仓鼠是小到大身体紧凑的鼠形啮齿动物。体型短粗，体重30~1000克 。尾部长度范围从70~106毫米，一般是体长的一半，无鳞，上覆密毛，少数种类（如沙漠小仓鼠 ）则很短，不及后足的一半；某些物种的雌性比雄性大。尾毛色差异较大，一般为灰色、灰褐或沙褐色，原仓鼠毛色比较鲜艳，背部红褐色，腹部黑。
豚鼠的体形在啮齿类动物中偏大，体重在700~1200克（1.5~2.5磅）之间，体长在20~25厘米（8~10英寸）之间。身材短小但是强壮有力，头较大，是身体的三分之一，眼睛大而圆，耳朵短小贴着头部，毛发粗糙而且很容易脱落，没有尾巴。
2、栖息环境不同
仓鼠广泛栖息于草原、农田、荒漠、山麓及河谷的灌丛，农田，花园和果园中，偶尔也进入房舍。可以在高达3600米的海拔找到仓鼠。
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豚鼠栖息于岩石坡、草地、林缘和沼泽。集成5~10只的小群，穴居，夜间活动。他们可以生活在广阔的海拔范围内，从海平面到4000米。虽然研究表明它们不能在极端炎热或寒冷的环境中生存，但豚鼠可以承受从白天22?C到夜间-7?C的大范围温度。
3、生活习性不同
仓鼠主要以植物种子为食，兼吃植物嫩茎和叶，果实，偶尔也吃昆虫。不冬眠。冬季靠吃贮存的食物生活。
豚鼠以植物性食物为食，在食物上没有特殊要求，体质强健不易生病。