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支持分区大小不一样；NTFS可以支持的分区(如果采用动态磁盘则称为卷)大小可以达到2TB（2048GB）,而Windows 2000中的FAT32支持分区的大小最大为32GB。
针对电脑用户的加密方式不一样；可以针对电脑用户对该格式下所有的文件夹、文件进行加密、修改、运行、读取目录及写入权限的设置。此外，在磁盘分区下任意文件夹或文件上右键属性，在高级属性窗口中勾选中加密内容以便保护数据即可做到加密。FAT32文件安全设置：不支持；
对于磁盘的空间利用率不一样；在一台电脑有多个用户使用时，而作为系统管理员，可以给用户设置不同的磁盘空间容量，被设置用户只能使用这个被限额的磁盘空间。在Windows2000的FAT32文件系统的情况下,分区大小在2GB～8GB时簇的大小为4KB；分区大小在8GB～16GB时簇的大小为8KB；分区大小在 16GB～32GB时,簇的大小则达到了16KB。而Win 2000的NTFS文件系统，当分区的大小在2GB以下时,簇的大小都比相应的FAT32簇小;当分区的大小在2GB以上时(2GB～2TB),簇的大小都为4KB。相比之下，NTFS可以比FAT32更有效地管理磁盘空间，最大限度地避免了磁盘空间的浪费。
产生的碎片及空间也不一样；从FAT16的文件系统格式，到之后的FAT32然后再到现在的NTFS文件系统格式，我们就会发现从磁盘分区的格式不同，那么所产品的磁盘碎片也是越来越小。FAT32磁盘碎片：产生的磁盘碎片一般，NTFS磁盘碎片：产生的磁盘碎片较少。NTFS目前多用于电脑、移动硬盘等各种大中型空间容量的磁盘，FAT32却多用于U盘、内存卡等小型磁盘。综上，我们可以看出：NTFS文件系统与FAT文件系统相比，功能更强大，适合更大的磁盘及分区，且磁盘利用率还很高，安全性与稳定性也杠杠的，想较FAT32是更为完善和灵活的文件系统。
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