关于叶绿体的起源问题有两种互相对立的学说,即内共生假说和分化假说。按照内共生假说,叶绿体的祖先是蓝藻或光合细菌,它们在生物进化的早期被原始真核细胞捕获(吞噬),逐步进化为叶绿体。分化假说认为叶绿体是原始的真核细胞内质逐步分化而形成。已有的一些研究成果更有利于叶绿体起源的内共生假说,例如叶绿体DNA的大小及形状类似于蓝细菌DNA,DNA的组成中也都无5-甲基胞嘧啶,它们的DNA都不与组蛋白结合在一起。
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