鲸鲨是滤食动物,以浮游生物、巨大的藻类、磷虾与小型的自游动物为食。它们的牙齿不是扮演觅食的功用,事实上它的尺寸并不大。取而代之的是:鲸鲨吸进一口水,闭上嘴巴,然后从鳃来排出水。在嘴巴关闭与鳃盖打开之间的短暂期间,浮游生物就被排列在鳃与咽喉的皮质鳞突所困住。鲸鲨聚集在贝里斯加勒比地区海域的礁石区,捕食巨大巴西笛鲷的鱼卵,这些卵会出现在5、6、7月的满月与弦月之间。鲸鲨的主要食物是磷虾、蟹幼体、海蜇、沙丁鱼、凤尾鱼、鲭鱼、小金枪鱼和鱿鱼。 鲸鲨是种活跃的滤食生物,靠着嗅觉来攻击浮游生物或鱼类这些目标。鲸鲨在觅食时不需要向前游泳,它们经常被观察到上下摆动着来吸入海水与排出它来得到食物。
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