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1、品类区别。花菇严格意义上来说是香菇的一个品种，它的形成是在香菇生产时通过调控温度、湿度、光照和通风等条件，改变了香菇原本的生长发育，导致香菇菌盖开裂，才形成花菇。因其对于生长条件较高，一旦生长条件不足就会失败，虽然是通过香菇得来的，但是它的营养价值高和口感都是香菇的数倍，所以和香菇隔绝开，成为一个新的食用菌品种。
2、外观区别。它们的外观极易分辨，香菇表面光滑，个头较少，菌盖一般为褐色或灰色，我们日常生活中比较常见。而花菇之所以名为花菇，主要是它的菌盖有褐白相间的花纹，晒干之后就会形成一朵朵花，这时香菇所不具有的特点，而且它的个头要比香菇要大，菌盖颜色有黄色、灰色以及褐色等多种颜色。
3、生长环境区别。它们的生长环境也有很大的青年，香菇喜欢在低温、少雨、光照充足、温度较大的环境中，在适宜的环境下生长极快。而花菇时香菇遇到特殊的环境才形成的变异品种，它的生长条件十分苛刻，适宜生长温度在5-22度之间，在出菇时要保持相对湿度在70%以内，以及较大的温差变化才会形成，一旦那个条件不适宜，它就会形成失败。
4、营养区别。香菇和花菇都含有大量的蛋白质和不饱和脂肪酸，还有多种对人体有益的营养成分，但是它们的营养价值好存在一些差异。花菇各种营养成分都要比香菇要高，而且这些成分在进入到人体后就会转化层麦角甾醇，它能增强人体的抵抗力，预防多种疾病，还能延缓衰老，这是香菇所没有的。
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