有昆阳镇、晋城镇、海口镇等42个镇。
昆阳镇,坐落在美丽的滇池南岸,属县城所在乡镇,是全县政治、经济、文化中心,东接上蒜乡和滇池,南邻宝峰镇,西与二街乡接壤,北为西山区的海口镇。昆洛公路、安晋公路、昆玉公路、昆玉铁路越境而过。晋城镇,位于晋宁县东部,处在昆明、玉溪两大城市中点,东与澄江、江川接壤,南与六街镇为邻,西接上蒜,北与呈贡马金铺交界。曾为“古滇国”都邑,是古滇文化的发祥地,历史悠久,文物古迹众多。始建于唐代的盘龙寺,集儒、道、释三教为一体,名声远扬东南亚。海口镇,位于西山区南端,螳螂川畔,因是滇池西南的出水口而得名,东临滇池、南接晋宁、西连安宁、北与本区的碧鸡镇毗邻。镇内居住着汉、回、彝三个世居民族。回族聚居在里仁村委会,是西山区回族人口最集中的地区,彝族分布在双哨村委会和白鱼村委会的禄海新村。
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