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蛋白质的三大基础生理功能分别是：
1、构成和修复组织；
2、调解生理功能；
3、供给能量。
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蛋白质是构成机体组织、器官的重要成分，人体各组织、器官无一不含蛋白质。
生物的结构和性状都与蛋白质有关，蛋白质还参与基因表达的调节，以及细胞中氧化还原、电子传递、神经传递乃至学习和记忆等多种生命活动过程；在细胞和生物体内各种生物化学反应中起催化作用的酶主要成分也是蛋白质；许多重要的激素，如胰岛素和胸腺激素等也都是蛋白质；此外，多种蛋白质，如植物种子：豆、花生、小麦等，其中的蛋白质和动物蛋白、奶酪等都是供生物营养生长之用的蛋白质；有些蛋白质如蛇毒、蜂毒等是动物攻防的武器。
同时人体内各种组织细胞的蛋白质始终在不断更新，只有摄入足够的蛋白质方能维持组织的更新，身体受伤后也需要蛋白质作为修复材料。蛋白质在细胞和生物体的生命活动过程，起着十分重要的作用。