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1、苗床消毒。药剂可选用福尔马林，方法是：每平方米苗床用福尔马林30~40毫升兑水2.5~5公斤，然后用喷雾器（去喷头）喷射，边喷边翻土，喷匀后覆盖农膜，一周后揭农膜，翻土几次，让福尔马林充分挥发掉，时间约5~7天。
2、种子处理。可用50%代森铵水剂200倍液浸种15分钟，然后洗净晾干播种。温汤浸种会严重影响花椰菜的发芽率，所以应当慎用，尽量不用。
3、苗床管理。育苗时期若是在夏季，一定采用保护地育苗，加盖遮阳网，防止阳光曝晒及暴雨冲刷，幼苗出土后，要常查看苗情，保证苗匀苗壮，如有病苗出现，及时拔除并喷药防治，同时在整个育苗期间，要防治立枯病、猝倒病、菜青虫等病虫害。
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4、轮作倒茬。与非十字花科蔬菜实行2年以上的轮作，基本上可解决土壤带菌问题。为消灭或减少土壤中的病原菌，定植前进行深翻晒地10~20天，以加快植株残体的熟化及土壤中病菌的死亡。
5、中耕除草。幼苗定植、缓苗，要施足苗肥，植株生长期间要加强肥水管理，钙硼硅肥配合足量施用，强化机体抵抗能力，防止植株早衰，增强其抗病性。灌水切忌大水漫灌，以减少病菌传播蔓延的机会。根据墒情，及时进行中耕除草。
6、防虫治虫。虫害除直接造成损失外，还为病菌提供从伤口侵染的途径，因而虫害多的地块，黑腐病也重，要防病务必先治虫，尤其控制菜青虫和小菜蛾的危害。及时防治小菜蛾、菜青虫、甜菜夜蛾、蚜虫、猿叶甲、地蛆等害虫，以免其传播该病害。
7、防病治病。田间出现黑腐病中心病株后，应及时防治，防治药剂可用50%代森铵500倍液，农用链霉素、硫酸链霉素、新植霉素等200毫克/公斤，具有明显的防效，另外50%甲基托布津和50%多菌灵可湿性粉剂防效也很好。