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具体原因如下：
这个和天空常常是青色甚至蓝色，而傍晚时常是红色一个道理，颜色不是来自物质本身而是其对光的散射造成，水具有能够吸收红色波长光的性质的关系。
水吸收了光的长波部分红色，剩下的就是短波部分蓝色，湖水中短波长的散射远大于长波长。喀纳斯湖是冰川湖，湖水中含有大量冰川残碛中的矿物质沙质悬浮物。同时水循环条件较畅通以及石灰华对悬移质的固定作用，从而使水中悬浮物、有机物、浮游生物极少，湖水的洁净度和透明度极高。
湖水中的离子也有增强短波光散射的作用。同时由于湖水透明度高，湖底的灰白色钙质、黄绿色藻类对透射光的选择性吸收和反射，也增加了湖水色彩的层次和变化。
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湖泊处于地形起伏很大的深切峡谷中，不同地段同一时间、同一地段不同时间，太阳光的入射角及入射量、湖水表面对光的反射状况和湖水的透明度都有很大的变化，因此也造成了湖水色彩的更加变幻多姿。