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1、配方：
（1）黄豆芽500克(煮汁)，白糖20克，琼脂20克，羊肚菌基脚~50克，水1升。
（2）黄豆芽500克(煮汁)，白糖20克，琼脂20克，水1升。
（3）栎木屑500克(煮汁)，白糖20克，琼脂20克，水1升。
（4）马铃薯200克(煮汁)，白糖20克，琼脂20克，蛋白脉0.5克，牛肉膏0.5克，水1升。
（5）蛋白陈1克，葡萄糖20克，琼脂20克，酵母膏1克，磷酸二氢钾1克，硫酸镁1克，维生素B1，1克，水1升。pH值自然。
2、配方任选一组。将木屑或豆芽加水1升煮30分钟，过滤取汁，并将余下的水补足1升，加入其它原料，煮至溶化后，按母种制作常规方法，分装于18毫米×180毫米或20毫米×200毫米试管的1/5，塞上棉塞，使用高压灭菌锅彻底灭菌;在0.68千克压力下维持60分钟，自然冷却至指针回到原位才可打开，放成斜面备用。
3、要具有食用菌专业基础知识、多年的菌种分离经验及菌丝鉴别能力，其次要购置母种培养基、无菌接种箱、恒温培养箱、冰箱、高倍显微镜等必要设备。根据当地羊肚菌生长季节，趁羊肚菌生长旺盛时做菌种分离工作。
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4、分离方法。羊肚菌的分离方法与其它食用菌大不相同。它需要一种助生菌与羊肚菌菌丝共生时才能出菇。这种助生菌长期活动在土壤中，有时以芽孢菌形式出现，有时以菌丝形式出现。它为羊肚菌的原基形成和子实体生长发育起着至关重要的作用。因此，从土壤中分离该菌比其它任何方式分离要好些。但从土壤分离难度太大，成功率不到万分之一，并且难以分辨，所以只有采取羊肚菌基脚土分离，才能真正找到羊肚菌的出菇菌丝。