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本质上的区别：微信商城本质上属于一个手机的购物网站，只是应用很多微信公众号里面的接口，如果不应用，微信商城可以通过手机浏览器单独打开。微信小程序是微信上独立的一个类似于APP的应用，无需下载，但必须依附于微信。
打开方式的区别：微信商城只能通过公众号的底部菜单，才能进入微信商城；小程序既可以通过微信公众号的底部菜单进入，也可在微信首页的下拉直接进入。除此之外，小程序还可以通过搜一搜，附近的，好物圈等多达40多种方式打开小程序。
用户体验的区别：微信小程序更像是一个APP，所以在给用户使用上，微信小程序更加流畅，快捷，用户体验感是好于微商城的。
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微信官方审核的区别：先说微商城，您只需要有个营业执照，有备案过的域名，就基本可以做微商城了。但如果您想做小程序，那必须要全部的资质，对于一些存在虚拟交易的，小程序在苹果端是无法通过审核的。因为小程序在上架时，官方需要对您小程序本身和对应的资质进行审核。