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1、选好品种。现在西红柿的品种众多，但是有些品种可能比较适合露地种植，但是不太适合大棚种植，如果不小心选错了配种的话，那么就极有可能会出现烂根的情况。所以大家在选择品种时，应该要注意描述，大棚种植一定要选择适合大棚的，而且要具有一定的抗病力，只有把好这关了，才能从根本上杜绝烂根。
2、尽量少施化肥。施肥时偏施氮肥或者施肥过多也会造成烂根，化肥的肥效快，能快速为植株生长提供养分，但是肥力释放也比较快，尤其是在施加根系附近是，极易灼伤到它们。一旦出现灼伤的情况，不久之后根系就会腐烂，这时因为化肥在分解时会散发大量的热能，造成根系灼伤。所以在大棚施肥时，尽量少使用化肥，多施一些有机肥，这样能减少烂根现象。
3、焖棚。有时西红柿出现烂根现象，是因为土壤中害虫太多了，地下害虫会咬食根茎，从而引起病菌侵染，导致根系腐烂。要想防治这种情况，可以通过药剂焖棚，然后令棚室的温度不断升高，这样持续焖棚几天，大棚内的害虫甚至虫卵都会被杀死，之后在种植的话就不会出现烂根了。
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4、保温通风。夜间温度较低，如果大棚本身保温性不是很好的话，到了后半夜就会出现大幅度降温现象，这对西红柿生长时极为不利的。时间一长也会出现烂根现象，要想防止这种现象，首先要注意保温，在白天温度较高时，需要采取措施升高棚温。