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1、药剂处理：50%和穗安可湿性粉剂、25%粉锈宁可湿性粉剂、40%拌种双可湿性粉剂，用种子量的0.2%拌种均能收到良好效果。上述处理后的种子和包衣剂混合然后拌种，可以提高防治效果。有些药剂在拌种时注意不要超过规定量，以免发生药害。
2、生理杀菌处理：用生石灰和消石灰0.5公斤，加清水50公斤，可浸麦种30—50公斤，水温在20℃时浸3—4天，25℃时浸2—3天，35℃时只需1天。浸完后晾干播种。此方法操作简便，取材容易，效力也很高，明显优于温汤浸种。在浸种过程中，麦种不易不过多，以种子厚度2尺为宜，以防底部种子发热霉变。
3、繁殖无病种子：在良种场或种子繁殖基地繁殖无病种子。种田距离大田至少在100米以外，所用种子，必须经过严格的处理，保证全部无病。做好无病种子的繁殖工作是防治此病的根本措施，可以免去种子处理的繁重工作。
4、选育抗病品种：小麦散黑穗病菌生理小种变异速度较为缓慢，小麦对散黑穗病抗性是单基因显性遗传，抗原也丰富，有利于抗原品种的选育。在选育抗病品种中，可以利用病菌不能进入胚内，或进入胚内但在分生组织发育上有差异，以及闭花授粉避病的特点进行选育工作。
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