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口腔溃疡目前病因不明，存在明显的个体差异。
1、消化系统疾病及功能紊乱
患系统性疾病的患者易发生口腔溃疡，主要是通过影响免疫系统而致病。口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。其
2、内分泌变化
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有些女性患者往往在月经期发生，可能与体内雌激素量下降有关。月经期出现口腔溃疡主要是由于体内黄体酮水平增高而雌激素(孕酮等)的水平降低所致。
3、精神因素
有的患者在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下发病，可能与植物神经功能失调有关。
4、遗传因素
如父母双方均患有复发性口腔溃疡时，其子女约有80— 90%患病，若双亲之一患此病时，其子女约有50—60%患病。