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二者各有千秋。
太空种子:太空种子是精选的作物种子通过航天飞行器搭载到太空，在空间特殊环境下使种子发生变化。然后再到地面进行优选的育种手段。是由中国航天工业总公司航天育种中心和中国农科院、中科院合作的项目。 选择大田作物、蔬菜、花卉、中药材等优良种子，搭载到我国返回式卫星飞行5至7天后返回陆地，在空间环境下（如失重、真空、紫外线、磁场等）使种子发生变化，再到地面，栽培试验4至5年选种形成太空种子。
普通种子:种子，裸子植物和被子植物特有的繁殖体，它由胚珠经过传粉受精形成。种子一般由种皮、胚和胚乳3部分组成，有的植物成熟的种子只有种皮和胚两部分。种子的形成使幼小的孢子体胚珠得到母体的保护，并像哺乳动物的胎儿那样得到充足的养料。种子还有种种适于传播或抵抗不良条件的结构，为植物的种族延续创造了良好的条件。所以在植物的系统发育过程中种子植物能够代替蕨类植物取得优势地位。
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