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按检材数量收费。这是很多亲子鉴定机构的收费方式，按照检材的数量多少进行收费，一般为800-1000元/个。你可以简单的看成800-1000元一个人，因为一个人只取一个检材。亲子鉴定最少是两个人，也就是“嫌疑父亲（或母亲）”与孩子，有的是三个人父、母、子，费用就是单个检材费用乘以人数。
按照鉴定类型收费。首先鉴定类型分司法鉴定和非司法鉴定，司法鉴定费用在3000元左右，非司法鉴定在2400元左右。然后细分又可以分为单亲亲子鉴定和三联体亲子鉴定，单亲亲子鉴定指“嫌疑父/母”与孩子，三联体指父、母、子三个人，费用分别为2000元和2400元，当然各地会有所差异，但是差别不大。
按照样本难度进行收费。样本分为常规样本和疑难样本，常规样本指血液、血痕及口腔拭纸，其他都是疑难样本，比如：头发、指甲、嚼过的口香糖、烟头等等。常规样本一个为800-1000元，疑难样本会在常规样本基础上加收500-800元。
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按照检测位点收费。随着商品试剂盒的发展，亲子鉴定检测位点从原来的16个，到现在可以检测100多个，某些鉴定机构按照检测的位点多少进行收费，价格各异，不好判断，但是不建议去这种收费的鉴定机构，16个位点和几十个位点检测都是一样的，没有多大意义。
按照非父排除率9的个数进行收费。一般非父排除率大于99.99%，就可以认定孩子是亲生，但是某些无良商家欺骗消费者不懂行，按照非父排除率9的个数进行收费，不建议去这种地方鉴定，99.99%与99.9999999%没有任何区别。