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如果发现肝功能异常，患者一定要及时作全面的检查，查明具体的病因，针对不同的表现和病因采用不同的治疗方法，比如：保肝，降黄，抗病毒，降脂等对症治疗，标本兼治。
如果是乙肝、肝硬化、脂肪肝等疾病因素引起的肝功能异常，要及时对症治疗。如果是饮酒、过度劳累、熬夜、肥胖、服用药物等因素导致的肝功能异常，要及时进行调理，注意休息和合理的饮食，有望恢复正常。
肝功能异常时切勿盲目就医用药，如体型肥胖超体重者需检查血脂及B超以了解有无脂肪肝；肺结核患者考虑药物性肝损伤等。并非所有的肝功能异常都需用药物治疗，如剧烈运动以后、劳累、睡眠不佳等引起的一过性转氨酶升高，常无需用药也可自行恢复，需具体原因具体分析。
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如果肝功能异常同时伴有严重的消化道症状必须立即到肝病专科就诊治疗以免贻误病情。如果因HBV及HCV活动性复制所致的肝功能异常，及早抗病毒治疗有望获得长期稳定。