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海藻肥为天然有机肥，其肥效依赖于海藻肥中所含营养成分，用作肥料的海藻为大型经济类，如巨藻、泡叶藻、海囊藻等。海藻肥中核心物质为纯天然海藻提取物，主要原料选自天然海藻，经过特殊生化工艺处理，提取海藻中精华物质，保留了天然活性组分，含有非含氮有机物、钾、钙、镁、锌、碘等矿物质元素与维生素。海藻中含海藻多糖、藻朊酸、高度不饱和脂肪酸与多种天然植物生长调节剂，具有较高的生物活性，可刺激植物体内非特异性活性因子产生，调节内源激素平衡。海藻肥可直接使土壤或通过植物使土壤增加有机质，激活土壤中有益微生物，微生物在代谢物循环中起催化剂作用，使土壤生物效力增加，植物与土壤微生物的代谢物可为植物提供较多养分。其中含天然化合物，如藻朊酸钠为天然土壤调理剂，能促进土壤团粒结构形成，改善土壤内部孔隙空间，协调土壤中固、液、气三者比例，增加土壤生物活力，有利于根系生长，提高作物抗逆性。
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