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西南大学没有有临床医学，西南大学医学院设置了化学药学、生物药学、中药学、药理学、药物制剂、药物分析学和制药工程7个教研室。与重庆市第九人民医院共建临床药学教研室,与重庆市北碚中医院共建药物制剂工程中心。建筑面积8000多平方米，建有面向社会人才培养与科学研究服务的西南大学药学院分析测试中心、重庆市创新药物质量控制平台和西南大学药学院SPF级实验动物中心等公用平台，有包括400M核磁共振仪、MALDI-TOF/TOF生物质谱分析仪、三重四级杆液质联用仪、小动物活体成像分析系统、高效液相色谱仪、紫外-可见分光光度计、荧光分光光度计、荧光显微成像分析系统、傅里叶变换红外光谱仪、热分析仪和激光粒度仪等价值3000多万元的教学和科研仪器设备。
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